Il nome Lerici ha varie teorie: da Portus Illycis, probabilmente legato al greco "Iliakos"; da Mons Ilicis, monte dei lecci; da Erice, figlio di Venere e di Nettuno.
Le prime tracce di Lerici risalgono all'epoca etrusca, quando con tutta probabilità fu insediato un primo loro villaggio.
La particolare posizione fece di Lerici un porto naturale, prima per i Liguri, poi per i Romani, e nel Medioevo fu importantissimo porto dove attraccavano mercanti, viandanti ed i pellegrini che dovevano raggiungere il nord Italia, il centro Europa, la Spagna e Roma, sia per scopi commerciali che di fede.
Da Lerici raggiunta Sarzana, si dipartiva la famosa via Francigena, anticamente chiamata via Francescana o Romea, che portava alle tre principali mete religiose cristiane di quell'epoca: Santiago de Compostela, Roma e Gerusalemme.
Sempre nel Medioevo, poiché si trovava sulla linea di confine delle due grandi potenza marinare di Genova e Pisa, fu molto contesa ed utilizzata da Lucca per il commercio di stoffe e pelli.

Nell'anno 1241, Pisa occupò la baia e l'approdo di Lerici, forse senza incontrare resistenza. I pisani tentarono di espugnare Portovenere, ma furono respinti e per questo fortificarono Lerici proteggendo il borgo con l'edificazione di mura. Nel 1254 ci fù la sconfitta di Pisa ad opera dei genovesi ed impose la restituzione del castello e del porto di Lerici. Genova potenziò le difese lericine, rafforzando il castello e dopo qualche anno ricostruì il borgo fortificato.
A Lerici, nei primi decenni del '300 si scontrarono Ghibellini e Guelfi, che per ben due volte distrussero il paese, senza riuscire ad espugnare il castello. Alla fine del 1300 ci fu la dominazione francese, finita la quale, nel 1411, le fortificazioni e il borgo furono venduti ai fiorentini. L'anno successivo Genova rientrò in possesso di Lerici, tenendola per 15 anni, fino a quando non fu consegnata ad Alfonso V d'Aragona. Gli avvenimenti della seconda metà del '400 videro succedersi diversi domini fino al definitivo passaggio a Genova nel 1479. Nei decenni successivi il castello, fu ampliato e consolidato con una pesante e spessa cortina esterna, per renderlo invulnerabile alle artiglierie; divenne un punto di forza della Repubblica.

Nel 1528 tra le mura di un palazzo di Lerici, Andrea Doria si rifugiò e decise di passare dalla Francia alla Spagna, togliendo alla Francia il dominio sul Mediterraneo a favore della Spagna.
Ebbe il massimo sviluppo urbanistico tra il '600 e il '700, grazie alla presenza di una nobiltà armatoriale che aveva le sue dimore nel borgo e di cui restano gli antichi palazzi e le ville.
Lerici scrisse nell'800 pagine gloriose della storia risorgimentale, tanto che Garibaldi chiamò la sua popolazione "la più forte e la più energica d'Italia".